L’avantage le plus évident du transfert d'embryons pour l’éleveur réside dans la possibilité d'accroître le pourcentage de descendants issus de femelles donneuses sélectionnées—des animaux dont la capacité à transmettre des traits génétiques souhaitables a été avérée. Contrairement à l'insémination artificielle, qui accélère l'amélioration génétique uniquement du côté paternel, le transfert d'embryons amplifie les progrès simultanément du côté maternel et paternel, permettant ainsi une amélioration génétique significativement plus rapide à l'échelle de l'ensemble du troupeau.